玉帝殿是大埔隱廬樓上的主殿，位於大埔堂樓上的中廳。

　　神龕的最上層主位是奉祀「萬天至尊玄穹高上帝」的畫像。神龕中層從右至左依次奉祀五教始祖與民間神祇：觀音菩薩、孚佑帝君、耶穌基督、太上老君、孔聖先師、釋迦牟尼、謨罕默德、關聖帝君、齊天大聖。神龕下層祀奉眾位醫聖醫靈。

神牌位置	篆書字樣
中層從右至左	大慈大悲觀音菩薩 玉清上相孚佑帝君 基督教教主耶穌基督先師 太玄至聖太上道祖李老君 大成至聖文宣王孔聖先師 南無釋迦牟尼文如來佛祖 清真教教主謨罕默德先師 忠義仁勇關聖帝君 玉封東海齊天大聖
下層中間從右至左	孔醫聖 張醫聖 秦醫聖 華陀 太醫聖 伊尹 葉醫聖 周醫聖 李醫聖 醫靈